Размещение озимых и яровых колосовых культур по лучшим предшественникам. На посевах по стерневому предшественнику численность злаковых мух возрастает. Лущение стерни вслед за уборкой с последующей глубокой вспашкой.
Лущение стерни способствует появлению всходов падалицы, на которой концентрируется основная масса вредителя. При глубокой вспашке, проведенной через 2—3 недели, уничтожается до 50—70% личинок и пупариев злаковых мух. Взлущенные после уборки, но не вспаханные до посева и всходов озимых культур поля являются основными резерваторами злаковых мух, с которых они распространяются на посевы озимых культур.
Оптимальные, как наиболее урожайные, сроки посева озимых и яровых культур. Посевы ранних сроков сева озимых культур в большей степени заражаются злаковыми мухами. Яровые культуры меньше повреждаются мухами при ранних сроках сева.
К моменту массового появления злаковых мух растения выходят из критической фазы заражения. Внесение рекомендуемых доз удобрений повышает энергию роста и развития растений, что способствует сопротивляемости последних к повреждению злаковыми мухами. Предпосевная обработка семян инсектицидами позволяет снизить вредоносность питающихся личинок злаковых мух.
Однако в настоящее время инсектициды, разрешенные для токсикации семян, практически отсутствуют. При выявлении пороговой численности злаковых мух на посевах в период их массового лета проводятся обработки инсектицидами. Осенью опрыскивание заселенных мухами площадей проводят в фазу 1—2 листьев, весной обработки совмещаются с химической прополкой посевов.